作为大运河的北端城市和漕运终点，大运河北京段共有两处河道、两处遗产点入选申遗名单：通惠河北京旧城段(包括什刹海和玉河故道)、通惠河通州段和西城区澄清上闸(万宁桥)、东城区澄清中闸(东不压桥)。
2012年，北京市文物局编制了大运河北京段遗产保护规划，确认了40处大运河遗产。按照申遗要求，北京市投入3000多万元对玉河故道参观栈道等进行了环境整治。下一步，将修缮通州区大运河古建筑群等，对东城区玉河南区进行考古和文化景观恢复的研究，争取分批分期将这些遗产点、段纳入世界文化遗产名录。
目前，北京市域范围内存留的运河遗产，以元、明、清京杭大运河遗产为主。北京市文物局局长舒小峰称，运河文化遗产与生态环境改善、沿岸民生紧密结合，处理好两者之间的关系是文物部门面临的重要课题。
